Here are the French lyrics from the Compagnons de la Chanson, as mentioned by Mrrzy back in 2000:

Fais ta prière Tom Dooley
Ça peut toujours servir
Fais ta prière Tom Dooley
Demain tu vas mourir

Devant ton verre de rhum
Dans le matin blafard
Tâche au moins d'être un homme
Avant le grand départ

Fais ta prière Tom Dooley
C'est tout ce qu'on peut t'offrir
Fais ta prière Tom Dooley
Demain tu vas mourir

Quand au lever du jour
On viendra te chercher
Pardonne à ton amour
C'est lui ton seul péché

Fais ta prière Tom Dooley
Avant de t'endormir
Fais ta prière Tom Dooley
Demain tu vas mourir

Fais ta prière Tom Dooley
Y a plus rien d'autre à faire
Fais ta prière Tom Dooley
Pour éviter l'enfer

Tu vas enfin revoir
Celle que tu aimais trop
Emporte au moins l'espoir
De mieux l'aimer là haut

Fais ta prière Tom Dooley
Demain tu vas mourir
Fais ta prière Tom Dooley
Pour toi tout va finir

Fais ta prière Tom Dooley
C'est la dernière mon vieux
Fais ta prière Tom Dooley
Après bye, bye, adieu

Translations of songs don't always work very well, but I like these lyrics a lot.