Up date... L'Île-aux-Loups can be found in Cahiers de chants de marins T5 (Terres françaises d'Amérique) page 41.

So, here are the actual lyrics in the order as sung by Serre l'Écoute -I put the corrections in bold):

Quand j'ai parti de l'île aux loups
Je m'y croyais fort bien sauvé
Quand j'ai parti de l'île aux loups
Je m'y croyais pas bien tombé
Le vent du nord s'était levé
C'était une tempête
Qui nous a-t-emmenés
À cinq cents lieues sur mer

Ça fait déjà presque trente ans
Que je suis sur ce bâtiment
Ça fait déjà presque trente ans
Que je suis sur ce bâtiment
J'ai jamais craint ni dieu ni diable
Ni sur eau ni sur mer.
C'est bien la premièr' fois
Que les vents m' sont contraires.

Ça fait déjà presque trente
Que j'ai pas eu de saint sacrement
Ça fait déjà presque trente
Que j'ai pas eu de saint sacrement
Si j'avais pas jeté-r-à l'eau
Mon très saint scapulaire
Je serais pas rendu ici
À mourir sur la mer

Quand vous serez rendus au quai
Pavillon noir vous l'hisserez
Quand vous serez rendus au quai
Pavillon noir vous l'hisserez
Vous laisserez ce bâtiment
S'en aller à la d'rive
Vous direz à ma femm'
Qu'elle n'a plus de mari(e)

Quand vous serez pour m'enterrer
Pavillon noir vous l'hisserez
Quand vous serez pour m'enterrer
Pavillon noir vous l'hisserez
Vous chanterez à haute voix
La mort du capitaine
Qui est mort sur la mer
Dessus cette eau mortelle

C'est pas ma mort que je regrett'
Bien d'autr's que moi la regrett'ront
C'est pas ma mort que je regrett'
Bien d'autr's que moi la regrett'ront
Ce sont mes pauvr's petits enfants
Ils diront à leur mère
Ma mèr' ma très chèr' mèr'
Nous n'avons plus de père

The version in Cahier de chants de marins gives "vingt ans" (twenty years) not "trente ans" (thirty years) as the time spent on the sea, and the last but one is given as "Pavillons noir vous metterez" on the 2nd line and the last but one as "Qui s'en a été mourir ici".